消毒是指清除或杀灭环境中的病原微生物及其他有害微生物。为畜禽提供一个良好的卫生环境，是切断疫病传播途径的重要环节。
一·消毒制度与程序：
养禽场大门口要设置消毒池此池宽同大门，长为机动车车轮一周半，内放2%～5%的火碱溶液。进场前，一切人员皆要在侧门消毒室更衣、换鞋，并经喷雾消毒，禽肉及附产品不准带入。
进入生产区的工作人员，更衣、换鞋，并经喷雾消毒，然后更换场区工作服、工作鞋，通过消毒池进入自己的工作栋，严禁相互串栋。每天打扫禽舍，保持饲槽和饮水器的干净和清洁卫生。禽舍内可用0．3％过氧乙酸每立方米30毫升作带禽喷雾消毒，以0．5％～1．0％浓度作禽舍、笼具、饲养场地、周围环境、车辆等消毒。也可以用福尔马林薰蒸禽舍每立方米空间用20毫升福尔马林和10克高锰酸钾，薰蒸。室温应在20℃以上，相对温度70％以上，薰蒸至少12小时。
二·“全进全出制”生产，其禽舍的常规消毒程序：
清舍：当一批鸡转出鸡舍后应及时进行清舍，首先需清除鸡粪，再清扫屋顶、四周墙壁、棚架、垫网、鸡笼、饮水设备、抽风设备及地面等。然后用高压水枪将其冲洗干净。
鸡舍消毒：应用几种不同消毒剂交叉消毒鸡舍及周围环境2—3次，再用清水冲洗鸡舍及设备。
器具消毒：养鸡所用的各种器具如蛋盘、出雏盘、饮水器、料桶等可用清水冲洗后，再用消毒药浸泡、冲洗，然后清水冲洗，放入鸡舍内晾干。
熏蒸消毒：检查和维修鸡舍内所有设备可正常运转后，将难舍门窗关闭，用高锰酸钾、福尔马林熏蒸要求同前过夜，第二天再打开部分门窗通风，并清理熏蒸物。
饮水消毒：饮水消毒，首选药品为抗毒威或优氯净，也可用百毒杀，抗毒威按1：5000，10％的百毒杀按1：4％即可，发生传染病时，可暂时加大用药浓度，一周后恢复正常浓度。
空气和鸡体消毒：鸡舍每日视情况作带鸡喷雾消毒1～2次，要求喷出雾滴很细，用药量则不应太多，首选药品为百毒杀，浓度见前。
种蛋消毒：以福尔马林熏蒸效果最好，对种蛋、种鸡舍消毒1次，到孵化前再消毒1次，每次半小时，条件同前。如果不具备这种条件，可用10％百毒杀加水600倍浸湿，不必晾干即可入孵。
三·消毒的注意事项：
生产区内消毒池的消毒液，一般1～2天更换1次。
鸡舍内消毒，一定要先彻底清扫干净粪便及羽毛。
消毒药的稀释度要准确，应保证消毒药能有效杀灭病原微生物，并要防止腐蚀、中毒等问题的发生。
有条件或必要的情况下，应对消毒质量进行检测，各种消毒药的使用方法和效果应有详细的记录，并注意消毒药之间的相互作用，防止药效降低。
